Em sua nova missão, a tripulação da nave Enterprise é enviada para um planeta primitivo, que está prestes a ser destruído devido à erupção de um vulcão. Spock é enviado para dentro do vulcão, onde deve deixar um dispositivo que irá congelar a lava incandescente. Entretanto, problemas inesperados fazem com que ele fique preso dentro do vulcão, sem ter como sair. Para salvá-lo, Kirk ordena que a Enterprise saia de seu esconderijo. Esta é uma grave violação das regras da Frota Estelar, o que faz com que Kirk perca o comando da nave para o capitão Pike. A situação muda por completo quando John Harrison, um renegado da Frota Estelar, coordena um ataque a uma biblioteca pública, que oculta uma importante base da organização. Não demora muito para que Kirk seja reconduzido ao posto de capitão da Enterprise e enviado para capturar Harrison em um planeta klingon, que está à beira de uma guerra com a Federação.